L'operazione, iniziata il 17 maggio, ha fatto seguito a un ultimatum del Governo che chiedeva a tutti i rifugiati di tornare al campo profughi di Dzaleka entro il 15 aprile, o di affrontare un trasferimento forzato.
Il governo ha accusato i rifugiati di aver lasciato il campo sovraffollato senza seguire le procedure adeguate. L'operazione di rastrellamento è iniziata a Lilongwe ed è stata estesa ad altri distretti.
Botha non ha potuto dire quando l'operazione, che è stata criticata dai gruppi per i diritti umani, terminerà.
"Non possiamo dare una tempistica perché si tratta di una questione di sicurezza nazionale", ha detto Botha in un'intervista.
"Continueremo fino a quando non saremo soddisfatti che tutti gli stranieri che hanno lo status di rifugiati siano tornati a Dzaleka", ha detto riferendosi al campo profughi nel distretto di Dowa, a circa 60 km da Lilongwe.
L'esercizio ha attirato le critiche delle Nazioni Unite e dei gruppi locali per i diritti umani.
"Ribadiamo con forza il nostro invito alle autorità a revocare la loro decisione di trasferimento, poiché le strutture esistenti nel campo profughi di Dzaleka sono già al limite e non possono ospitare altri rifugiati in modo dignitoso", ha dichiarato Valentin Tapsoba, direttore dell'Ufficio regionale dell'UNHCR per l'Africa meridionale, in una dichiarazione rilasciata mercoledì.
Il campo, destinato ad ospitare fino a 12.000 rifugiati, da lunedì ospitava più di 50.600 rifugiati, principalmente dalla Repubblica Democratica del Congo, dal Burundi e dal Ruanda, ha detto l'UNHCR.
Botha, pur riconoscendo che il campo è sovraffollato, ha negato che il Malawi stia abusando dei diritti dei rifugiati.
"Stiamo conducendo questo esercizio con dignità", ha detto, aggiungendo che l'esercizio prevedeva la verifica degli status di rifugiato e di permesso di soggiorno.
"Essere un rifugiato è uno status e non è permanente. Per la maggior parte delle persone che stiamo radunando, non c'è più un conflitto nei loro Paesi", ha detto.
