Le azioni erano salite lunedì, sovraperformando il resto della regione, grazie al forte risultato ottenuto dalla coalizione di governo giapponese.
La media azionaria giapponese Nikkei era in calo dell'1,68% a 26.362,76 al termine della sessione di trading mattutina.
L'indice era in calo del 2,58% rispetto al massimo della sessione precedente, pari a 27.062,17, ed era inferiore dello 0,58% rispetto alla chiusura di venerdì, quando i mercati erano stati scossi dall'uccisione dell'ex Primo Ministro Shinzo Abe.
Un broker di titoli nazionale ha affermato che il mercato era ipercomprato lunedì, nonostante l'assenza di fattori esterni positivi.
Il Topix più ampio ha perso l'1,46% martedì.
"L'aumento della diffusione del COVID-19 ha rafforzato i timori di una recessione globale", ha detto un operatore di mercato di una società di titoli nazionale.
"Data questa situazione, le azioni giapponesi, che sono in gran parte sensibili dal punto di vista economico, si indeboliranno inevitabilmente".
Il Giappone ha registrato 54.993 casi lunedì, secondo i dati ufficiali del Governo, in aumento rispetto ai 16.791 della settimana precedente.
Dei 225 componenti del Nikkei, 202 sono scesi, due sono rimasti fermi e solo 21 hanno guadagnato.
I titoli tecnologici e manifatturieri hanno pesato sull'indice, con il produttore di componenti elettronici TDK che ha subito il calo maggiore, con una flessione del 6,12%.
Anche i produttori di robotica industriale Fanuc Corp e Yaskawa Electric Corp hanno registrato perdite significative, così come SoftBank Group Corp e Casio Computer Co Ltd .
L'unico settore del Nikkei a registrare guadagni è stato quello delle utilities, in crescita dello 0,43%.
L'azienda di prodotti alimentari Nippon Suisan Kaisha Ltd è stata la migliore performer dell'indice, guadagnando il 3,77%.
Anche le società di videogiochi Konami Group Corp e Nintendo Co Ltd hanno registrato guadagni, rispettivamente del 2,82% e dello 0,49%.
