Oxford Nanopore, in collaborazione con Quadram Institute Bioscience (QIB), ha annunciato di aver sviluppato un nuovo flusso di lavoro rapido dimostrato in uno studio di Fase I per identificare la DR-TB che, una volta convalidato, potrebbe aiutare i medici ad affrontare la malattia a livello globale in futuro. La resistenza ai farmaci è un ostacolo importante agli sforzi globali per ridurre l'incidenza della TBC, che nel 2020 era il secondo killer infettivo principale dopo la COVID-191. La mancanza di test rapidi, accurati e ricchi di informazioni per la DR-TB sta esacerbando la sua diffusione; importanti organizzazioni sanitarie e organizzazioni non governative (ONG) hanno identificato i test di resistenza ai farmaci basati sul sequenziamento come una priorità. Nel 2019 è stato lanciato il programma Seq&Treat per studiare il miglioramento del rilevamento della DR-TB introducendo e accelerando l'adozione del sequenziamento in ambienti clinici. Oxford Nanopore, insieme a QIB, ha completato con successo la fase I di uno studio di sequenziamento di prossima generazione (NGS) mirato alla DR-TB come parte di Seq&Treat, finanziato da Unitaid e guidato dalla Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND). Ciò ha comportato lo sviluppo di un flusso di lavoro di sequenziamento rapido end-to-end per identificare mutazioni associate alla resistenza ai farmaci attraverso il genoma della TBC, direttamente da campioni clinici come parte di uno studio di ricerca. La soluzione di sequenziamento mirato nanopore ha avuto successo nella valutazione analitica di Fase I raggiungendo o superando i principali obiettivi di performance dell'Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS), tra cui la sensibilità genotipica (>98%), la specificità genotipica (>98%), i tassi di fallimento del limite di rilevazione (< 1000 cellule) (0%), il tempo di consegna (obiettivo < 24 ore, raggiunto 8 ore) e la capacità di rilevare la resistenza mista (=10% di rilevamento di eteroresistenza). Oxford Nanopore è ora passata alla Fase II dove la performance della soluzione sarà valutata in uno studio clinico prospettico in India, Sudafrica e Georgia a partire da aprile 2022. Si prevede che il successo in questa e nell'ultima fase porterà alla conferma che la soluzione di sequenziamento Oxford Nanopore soddisfa i criteri di performance diagnostica delineati nel Target Product Profile (TPP) NGS stabilito da FIND/WHO per la diagnosi clinica della TB resistente ai farmaci. La soluzione di sequenziamento Oxford Nanopore è disponibile solo come strumento di ricerca nelle scienze della vita. La TBC rimane una delle malattie più letali del mondo, con una stima di 10 milioni di nuovi casi segnalati nel 2020, 1,5 milioni di morti e tre milioni di pazienti non diagnosticati. La TBC multiresistente ai farmaci (MDR-TB) e la TBC estensivamente resistente ai farmaci (XDR-TB) sono una minaccia importante per il controllo della TBC, poiché rappresentano circa il 10% dei casi diagnosticati e il trattamento dei pazienti affetti è da 50 a 200 volte più costoso dei pazienti con TBC sensibile ai farmaci. Solo una persona su tre con DR-TB farmacologica ha avuto accesso al trattamento nel 2020, lasciando la maggioranza dei pazienti con DR-TB senza accesso a cure adeguate. La rilevazione rapida e completa della resistenza, direttamente da campioni di pazienti (espettorato o espettorato decontaminato), è necessaria per iniziare una terapia appropriata per la DR-TB. Il sequenziamento mirato nanopore può fornire dati più veloci e completi che hanno il potenziale per essere usati dai medici per identificare la resistenza ai farmaci meglio degli attuali metodi colturali e molecolari. Non è la prima volta che la tecnologia nanopore viene usata nella ricerca per mostrare il potenziale per affrontare la DR-TB. In uno studio del 2018, un team di ricerca ha indagato la possibilità di un sequenziamento nanopore dell'intero genoma della TBC point-of-care nel Madagascar rurale utilizzando il dispositivo portatile MinION. Ciò ha comportato lo sviluppo di capacità addestrando 20 scienziati locali ad usare la tecnologia nanopore per il sequenziamento del DNA della DR-TB. La portabilità, la versatilità e i bassi costi di capitale del MinION lo hanno reso ideale per il sequenziamento mirato di prossima generazione per la sorveglianza di DR-TB e ha il potenziale per diventare una soluzione di test di suscettibilità ai farmaci (DST). Il team ha concluso che la ricerca ha dimostrato che questa è una soluzione DST promettente e ha trovato che fornisce dati rapidi e clinicamente rilevanti per aiutare a gestire la DR-TB complessa.