Toyota Motor è scivolata del 2,1% a causa delle continue ripercussioni di uno scandalo di certificazione, con le azioni legate alle automobili tra i settori che hanno registrato le performance peggiori.
Il Nikkei ha perso l'1,9% a 38.814,56 alle 0211 GMT, e ad un certo punto è sceso fino al 2,2% a 37.956,49 per la prima volta dal 30 maggio.
Dei 225 componenti dell'indice, 203 sono scesi, mentre 20 sono saliti e due sono rimasti fermi.
Il più ampio Topix ha perso l'1,5%.
Ognuno dei 33 gruppi industriali della Borsa di Tokyo ha subito un calo, guidato da un crollo del 2,4% nel settore minerario.
"Fondamentalmente, il Nikkei ha seguito un andamento piuttosto laterale per molto tempo, e ora è stato scosso un po' dalle preoccupazioni per l'economia, sia in Giappone che negli Stati Uniti", ha detto Kazuo Kamitani, stratega azionario di Nomura Securities, prevedendo che la correzione potrebbe arrivare fino a 37.500 dollari.
Il Nikkei ha seguito per lo più circa 500 punti da una parte e dall'altra di 38.500 dalla fine di aprile, dopo aver toccato un picco record a 41.087,75 il 22 marzo e poi essere sceso fino a 36.733,06 un mese dopo.
Nel frattempo, le case automobilistiche e i fornitori hanno perso il 2,3% lunedì.
L'emittente nazionale NHK ha riferito che Toyota avrebbe prolungato l'interruzione della produzione dei modelli interessati di almeno un altro mese, fino alla fine di luglio.
Il Presidente di Toyota e rampollo di famiglia Akio Toyoda deve affrontare un voto contrario alla sua rielezione in occasione dell'assemblea annuale degli azionisti che si terrà martedì.
Suzuki Motor è scesa del 3,8% e Mazda ha perso il 3,4%. (Servizio di Kevin Buckland; Redazione di Sonia Cheema)