Il Nikkei ha chiuso in calo dello 0,33% a 32.166,48, dopo aver aperto in rialzo dello 0,75%.
"Gli investitori hanno venduto azioni legate all'economia, o azioni di valore, per bloccare i profitti in vista di un rallentamento economico", ha detto Ikuo Mitsui, gestore di fondi presso Aizawa Securities.
"C'è stato un segnale che gli investitori hanno iniziato a spostare il loro obiettivo verso le azioni di crescita, come quelle legate ai chip, dalle azioni di valore, a causa dei timori che la stretta monetaria degli Stati Uniti possa danneggiare l'economia. Il mercato di oggi riflette questa tendenza", ha aggiunto Mitsui.
Il sell-off è arrivato dopo che il Nikkei è salito di oltre il 6% in una striscia di crescita di quattro sedute che è durata fino a lunedì.
I raffinatori di petrolio hanno perso il 6,11%, diventando il peggior performer tra i 33 sottoindici industriali della Borsa di Tokyo. Eneos Holdings è scivolata del 6,85%.
Gli esploratori di energia hanno perso il 5,29%.
L'indice bancario, un altro indicatore della performance dei titoli di valore, ha perso il 4,75%.
Il più ampio indice Topix ha perso l'1,16% a 2.305,95, con Mitsubishi UFJ Financial Group che ha perso il 4,17%.
L'indice di valore del Topix ha perso il 2,07%, mentre l'indice di crescita è sceso dello 0,2%.
Il proprietario del marchio Uniqlo, Fast Retailing, uno dei titoli in crescita, è salito dell'1,22% ed è stato il maggior sostegno per il Nikkei, mentre il produttore di apparecchiature di test dei chip Advantest è salito dell'1,93%.
Nintendo ha fatto un balzo del 6,09% dopo che l'azienda di giochi ha alzato le previsioni di utile operativo dell'11% per l'anno finanziario che si concluderà a marzo.
Mazda Motor ha registrato un'impennata del 10,39% dopo che la casa automobilistica ha aumentato le previsioni di utile operativo annuale grazie all'indebolimento dello yen. (Relazione di Junko Fujita; Redazione di Subhranshu Sahu e Varun H K)