L'indice blue-chip NSE Nifty 50 era in calo del 1,43% a 17.284,75 dalle 0349 GMT, mentre il benchmark S&P BSE Sensex è sceso del 1,45% a 57.944,50.
Gli scienziati hanno detto che la variante appena identificata può essere in grado di eludere le risposte immunitarie, sollevando preoccupazioni per i focolai di COVID-19 e nuove restrizioni.
Anche i mercati asiatici hanno subito il loro più forte calo in due mesi dopo la notizia.
Auto, banche e titoli energetici sono stati i più colpiti nelle prime contrattazioni a Mumbai, con i sottoindici in calo tra l'1,5% e l'1,7%.
L'indice Nifty Pharma è stato l'unico sottoindice in controtendenza a scambiare lo 0,4% in più.