MGI Tech Co., Ltd. ha annunciato una soluzione di flusso di lavoro completo altamente efficiente per il sequenziamento del genoma intero Low-pass su larga scala nel settore agricolo (Low-pass WGS), basata sulle sue piattaforme proprietarie DNBSEQ? durante la Conferenza Internazionale sul Genoma Vegetale e Animale Asia (PAG Asia 2024) di quest'anno, che si è svolta dal 5 al 7 giugno a Shenzhen, Cina. La nuova soluzione consiste in un portafoglio di prodotti automatizzati a processo completo, progettati per la genotipizzazione molecolare di allevamento su larga scala di specie agricole diploidi.

Il flusso di lavoro completo comprende l'estrazione, la preparazione della libreria, il sequenziamento e la chiamata di SNP e InDel. Il nuovo MGIEasy Large-scale PCR-Free FS Library Prep Set for Low-pass WGS, disponibile in due specifiche, 96RXN e 384RXN, è progettato specificamente per le applicazioni WGS Low-pass con un nuovo modulo di reagenti per la preparazione delle librerie basato su piastra. Rispetto ai comuni set di preparazione delle librerie senza PCR presenti sul mercato, questo kit taglia la fase di purificazione e completa la costruzione delle librerie in tre semplici passaggi, riducendo il tempo e i materiali di consumo necessari.

In combinazione con le piattaforme di automazione avanzate di MGI, la soluzione WGS Low-pass supera il limite di produttività che si riscontra nella normale preparazione delle librerie. Utilizza il minor numero di strumenti automatizzati per soddisfare una produttività ultraelevata, pur mantenendo un elevato grado di automazione. Di conseguenza, la preparazione di librerie su larga scala può essere effettuata in breve tempo, a basso costo e con grande facilità di automazione.

Per quanto riguarda il sequenziamento, i pacchetti di prodotti per il WGS Low-pass ad alta e media produttività comprendono rispettivamente il sequenziatore DNBSEQ-T7 ad altissima produttività e il versatile sequenziatore da banco DNBSEQ-G400, che consentono di realizzare progetti di ricerca genomica agricola su larga scala in tempi brevi. Il flusso di lavoro iniziale rilasciato comprende un pannello di riferimento per i suini e un software di analisi dei dati basato su GLIMPSE2, che consente agli utenti di eseguire la genotipizzazione dei suini senza dover costruire il proprio database. È disponibile anche un servizio gratuito di conversione del formato per gli utenti con un pannello di riferimento esistente, per renderlo compatibile con il software di analisi.

Sostenuta dagli strumenti di potenza di MGI, questa soluzione WGS agricola Low-pass ha un rendimento giornaliero da 96 a 1.536 campioni e un rendimento annuale da 24.000 a 384.000 campioni (in base alla profondità 1.0X del genoma suino e a una produzione media di dati del campione di 3G). Ha anche ottenuto risultati SNP di alta precisione da 0,5~1X Low-pass in campioni di tessuto dell'orecchio di maiale, dimostrando una coerenza del 98,4% con l'array SNP e del 98,1% con il WGS 50X. Insieme all'acceleratore di analisi bioinformatica MegaBOLT, sviluppato da MGI, è in grado di analizzare 192 campioni suini 1.0X al giorno e circa 1.536 al giorno con ZBOLT Pro.

Rispetto alla genotipizzazione tradizionale tramite microarray, la nuova soluzione di MGI offre dati a livello di genoma allo stesso costo, ma cattura una gamma più ampia di variazioni genetiche, migliora la scoperta di nuove varianti e aumenta la potenza statistica degli studi a livello di genoma, il tutto eliminando gli elevati costi di progettazione e di avvio associati ai microarray. Le caratteristiche dinamiche di questa soluzione consentono aggiornamenti e ottimizzazioni continue nelle analisi genomiche. Il prodotto e il flusso di lavoro WGS Low-pass saranno disponibili per gli ordini a partire dal 30 giugno.