Thermo Fisher Scientific Inc. ha annunciato la sua collaborazione con il National Institutes of Health (NIH) Rapid Acceleration of Diagnostics (RADx) Initiative, Helix e Rosalind per sviluppare un nuovo metodo di genotipizzazione per SARS-CoV-2 che potrebbe accelerare l'identificazione delle varianti non appena emergono. Utilizzando un approccio di genotipizzazione basato sulla reazione a catena della polimerasi (PCR) che può essere implementato in qualsiasi laboratorio di analisi che esegue la PCR in tempo reale, questo programma permette un aumento significativo degli sforzi di sorveglianza della SARS-CoV-2 negli Stati Uniti. I dati generati da questo programma saranno disponibili al pubblico attraverso il sito web Rosalind Tracker. Questo sforzo è stato finanziato dal National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIBIB) come parte della NIH RADx Initiative per aumentare la capacità di analisi e l'accessibilità al virus che causa la COVID-19. Il rapido emergere di nuove varianti di SARS-CoV-2 solleva diverse importanti questioni di salute pubblica, come la loro capacità di causare malattie e il loro impatto sull'efficacia del vaccino. Questo rende fondamentale tracciare le varianti per capire meglio i modelli di trasmissione e le possibili conseguenze sulle risorse sanitarie. Il Next-Generation Sequencing (NGS) è il metodo convenzionale per individuare e rintracciare nuove varianti, con circa il 5% dei campioni positivi alla SARS-CoV-2 selezionati a caso negli Stati Uniti inviati per l'identificazione delle varianti. NGS, tuttavia, può richiedere fino a 21 giorni da un risultato positivo prima che i dati sulle varianti siano disponibili in archivi pubblici. Con l'aggiunta della genotipizzazione, i laboratori possono classificare un'alta percentuale di campioni positivi e fornire informazioni entro due o tre giorni. Possono anche ridurre i costi per la sottotipizzazione del ceppo rispetto alla NGS. I campioni che non possono essere assegnati ad una variante nota attraverso l'approccio di genotipizzazione diventano candidati privilegiati per rilevare più rapidamente varianti nuove o emergenti. Un recente articolo delinea le prestazioni di questo metodo per identificare i marcatori e assegnare i lignaggi a diverse varianti di SARS-CoV-2, incluse le varianti di preoccupazione (VOC) precedentemente caratterizzate come Alpha, Beta, Gamma e Delta. Inoltre, lo studio descrive come questo approccio possa essere adattato rapidamente per sviluppare un pannello mirato per i ceppi attualmente in circolazione, come Delta e Omicron, per permettere una sorveglianza su larga scala nei laboratori di analisi di routine. La rapida selezione e validazione di biomarcatori altamente sensibili e specifici per le varianti di SARS-CoV-2 è stata resa possibile grazie alla piattaforma ROSALIND durante l'iniziativa di collaborazione. Questa piattaforma dinamica di analisi dei dati, basata su cloud, ha potuto fungere da strumento centralizzato per i laboratori aggregando e analizzando i dati in un formato dashboard in tempo reale. Thermo Fisher ha aggiornato il TaqMan SARS-CoV-2 Mutation Panel* per includere i quattro marcatori che possono rilevare le varianti Omicron e Delta con alta precisione.