Megi è stato il primo ciclone quest'anno a colpire le Filippine, un arcipelago di oltre 7.600 isole che vede una media di 20 tempeste tropicali all'anno.
Ottantasei delle vittime si trovavano a Baybay, una zona montagnosa soggetta a frane nella provincia di Leyte, dove sono state ferite anche 236 persone, ha detto il governo della città in un rapporto.
Altri tre sono annegati in diverse province, mentre sei persone sono ancora disperse, ha detto l'agenzia nazionale per i disastri.
"Le operazioni di ricerca, salvataggio e recupero continueranno", ha detto su Facebook un'unità di fanteria dell'esercito filippino a Baybay.
Fotografie aeree e video del governo locale hanno mostrato pendii crollati, seppellendo piantagioni di cocco e case in terra e fango. In una zona i soccorritori hanno dovuto usare gommoni per raggiungere una frana.
Megi, che è atterrato domenica con venti sostenuti fino a 65 chilometri (40 miglia) all'ora e raffiche fino a 80 km/h (49 mph), si è poi dissipato.
Il distretto di Kantagnos è stato "enormemente devastato", ha detto su Facebook un battaglione di ingegneria e costruzione dell'esercito a Leyte. "Case e mezzi di sussistenza sono stati danneggiati, famiglie e individui sono scomparsi e le comunicazioni sono state instabili", ha detto il post.
Più di 162.000 residenti sfollati stanno riparando in centri di evacuazione, mentre altri 41.000 vivono con parenti, secondo i dati del governo.
Il percorso distruttivo di Megi ha fatto rivivere i ricordi di altre tempeste mortali nelle Filippine.
A dicembre, il tifone Rai di categoria 5 ha devastato le Filippine centrali, con un bilancio di 405 morti e quasi 1.400 feriti. Il tifone Haiyan, uno dei più potenti cicloni tropicali mai registrati, ha ucciso 6.300 persone nel 2013.
