Gli investitori sono stati anche cauti con i guadagni previsti dopo la chiusura del mercato da parte delle aziende di riferimento, tra cui il produttore di motori Nidec e il produttore di strumenti per la produzione di chip Disco Corporation.
Il Nikkei è sceso dell'1,14% a 32.521,88 alla pausa di mezzogiorno, terminando vicino al minimo della sessione.
Ciò ha fatto seguito ad un aumento dell'1,6% nelle due sessioni precedenti, che lo ha portato appena al di sotto della soglia psicologica chiave di 33.000, dove si trova anche l'osservata media mobile a 25 giorni.
"Il Nikkei ha guadagnato costantemente negli ultimi due giorni per arrivare a questo punto, ma alla fine la media mobile a 25 giorni si sta rivelando una barriera per ulteriori guadagni", ha detto Maki Sawada, stratega di Nomura Securities.
"Un punto focale per gli investitori è se riuscirà a recuperare rapidamente al di sopra di questo livello".
Il Nikkei ha chiuso ai massimi di 33 anni a 33.753,33 il 3 luglio, prima di arretrare del 5,8% fino al 12 luglio.
Il più ampio indice Topix è entrato nella pausa pranzo con un calo più lieve dello 0,69%.
Il calo del Nikkei di giovedì è stato esagerato dai crolli dei titoli di chip pesantemente pesati, con Advantest e Tokyo Electron che si sono combinati per ridurre l'indice di 98 punti.
Anche il produttore di chip Renesas Electronics e il produttore di componenti per chip Screen Holdings hanno subito perdite di circa il 3% ciascuno.
Ma guardando titolo per titolo, la performance del Nikkei è stata più equilibrata, con 89 dei suoi 225 componenti in rialzo, 134 in calo e due piatti.
Le case automobilistiche sono state tra le vincitrici, dopo che l'indebolimento dello yen durante la notte ha aumentato il valore dei ricavi all'estero.
Subaru ha guadagnato l'1,68% e Suzuki ha aggiunto l'1,04%.
Nissan è salita dell'1,53%, raccogliendo ulteriore sostegno dalla sua decisione di adottare la rete di ricarica di Tesla in Nord America. (Relazioni di Kevin Buckland; Redazione di Rashmi Aich)