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Il Nikkei era in calo dell'1,2% a 40.273,29 alle 0202 GMT, mentre il più ampio Topix era scivolato dell'1,36% a 2.761,32.
"Il mercato è cauto riguardo a un possibile intervento sulla valuta. Non è chiaro a quale livello e quando il governo giapponese interverrà", ha detto Shuji Hosoi, stratega senior di Daiwa Securities.
"Gli investitori stranieri sono desiderosi di acquistare azioni giapponesi, ma vogliono acquistarle a buon mercato. Quindi stanno monitorando fino a che punto lo yen potrà scendere".
Lo yen è sceso ai minimi di 34 anni rispetto al dollaro mercoledì, spingendo le tre principali autorità monetarie del Giappone a tenere una riunione di emergenza per discutere della debolezza dello yen.
In un briefing successivo, il principale diplomatico valutario Masato Kanda ha detto che "non escluderà alcuna misura per rispondere a movimenti disordinati del cambio".
Lo yen è stato scambiato per l'ultima volta a 151,33 contro il dollaro.
Giovedì, anche il Nikkei è stato trascinato al ribasso dai titoli ex-dividendo, perdendo circa 260 punti dopo che molti dei suoi componenti sono andati fuori dividendo, hanno detto gli strateghi.
Il produttore di apparecchiature per il test dei chip Advantest è sceso del 2,01%, diventando il maggior traino del Nikkei, mentre il produttore di apparecchiature per la produzione di chip Tokyo Electron ha perso lo 0,63%.
Il proprietario del marchio Uniqlo, Fast Retailing, è scivolato dello 0,75%.
Tutti i 33 sottoindici industriali della Borsa di Tokyo, tranne tre, sono scesi, con i produttori di carta che hanno perso il 4,88%, diventando il peggior performer.
Gli esploratori di energia sono saliti dello 0,93%, diventando il settore più performante.
Dei 225 componenti del Nikkei, 35 titoli sono saliti e 190 sono scesi.
