Personalis, Inc. (Nasdaq: PSNL), leader nel campo della genomica avanzata per l’oncologia di precisione, ha annunciato oggi la pubblicazione nella rivista Nature Communications del suo studio intitolato “Un algoritmo basato sull’apprendimento automatico con sensibilità subclonale rivela una perdita diffusa dell’eterozigosi nell’antigene leucocitario umano pan-tumorale”.

La perdita di eterozigosi nell’antigene leucocitario umano (human leukocyte antigen loss of heterozygosity, HLA LOH) consente alle cellule tumorali di eludere il riconoscimento da parte del sistema immunitario attraverso la delezione degli alleli HLA, con conseguente presentazione soppressa dei neoantigeni tumorali. Nonostante la rilevanza di ciò rispetto alla risposta all’immunoterapia, esistono pochi metodi per rilevare l’HLA LOH, la cui accuratezza peraltro non è ben chiara. Inoltre, il rilevamento accurato dell’HLA LOH dai dati di sequenziamento merita attenzione data la crescente ubiquità della caratterizzazione molecolare dei tumori.

Lo studio di Personalis descrive in dettaglio lo sviluppo di DASH (Deletion of Allele-Specific HLAs, Delezione di HLA specifici per allele), un nuovo algoritmo basato sull’apprendimento automatico per rilevare l’HLA LOH dai dati accoppiati di sequenziamento delle cellule cancerose/normali. Attraverso la convalida con colture miste di linee cellulari e la reazione a catena della polimerasi (polymerase chain reaction, PCR) digitale specifica per paziente, lo studio dimostra una maggiore sensibilità di rilevamento dell’HLA LOH da parte di DASH rispetto agli strumenti descritti in pubblicazioni precedenti aprendo la strada all’utilità clinica. Nello studio, in cui DASH è stato utilizzato in 610 pazienti affetti da 15 diversi tipi di tumore, si è osservato che un’elevata percentuale di pazienti è interessata da HLA LOH, compresi pazienti affetti da adenocarcinoma polmonare non a piccole cellule (NSCLC-A) (24 percento), tumore della cervice uterina (38 percento) e carcinomi a cellule squamose della testa e del collo (HNSCC) (40 percento). Inoltre, lo studio ha rilevato tassi di HLA LOH superiori rispetto al LOH a livello dell’intero genoma e correlazioni tra l’espressione di CD274 (PD-L1) e lo stato di instabilità dei microsatelliti, il che sembra indicare che l’HLA LOH costituisce una strategia chiave per la valutazione della resistenza immunitaria.

“Il rilevamento accurato dell’HLA LOH riveste un’importanza fondamentale per il suo utilizzo quale biomarcatore per l’immunoterapia oncologica. Lo studio in oggetto dimostra che DASH è in grado di rilevare con una sensibilità elevata eventi subclonali in campioni con una purezza tumorale ridotta, consentendo una caratterizzazione completa di HLA LOH diffusa in diversi tipi di tumore” ha spiegato il dottor Richard Chen, direttore medico e vicepresidente senior del reparto Ricerca e Sviluppo presso Personalis. “Integrati con la piattaforma NeXT di Personalis, questi eventi relativi all’HLA LOH identificati tramite DASH rappresentano un input essenziale per il nostro biomarcatore composito multi-omico NEOPS™ per predire con maggior precisione la risposta all’immunoterapia”.

Informazioni su Personalis

Personalis, Inc. è un leader nel settore della genomica avanzata dei tumori finalizzata allo sviluppo della prossima generazione di strumenti diagnostici e terapie oncologiche di precisione. La piattaforma Personalis NeXT Platform® è stata sviluppata per adeguarsi alle nozioni complesse e in continua evoluzione sui tumori fornendo alle imprese biofarmaceutiche sue clienti e ai medici informazioni su tutti gli all’incirca 20.000 geni umani, insieme al relativo sistema immunitario, derivate da un singolo campione tissutale. Per creare i presupposti per il sequenziamento dei tumori, il Laboratorio clinico di Personalis è stato fondato sui principi di accuratezza clinica, qualità, big data, portata estesa ed efficienza. Il laboratorio è conforme alle norme e alle linee guida di buona prassi sanitaria GxP, è certificato in base agli emendamenti di miglioramento dei laboratori clinici (Clinical Laboratory Improvement Amendments) del 1988 ed è accreditato dal College of American Pathologists. Per saperne di più visitate il sito web di Personalis e seguite Personalis su LinkedIn e Twitter.

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