Il Nikkei è sceso dell'1,42% a 27.594,73, mentre il più ampio Topix è sceso dell'1,77% a 1.925,49.
"Ci sono stati diversi motivi per vendere le azioni per assicurarsi i profitti oggi. Innanzitutto, Wall Street è stata debole durante la notte. Inoltre, gli investitori erano preoccupati per i rischi di peggioramento delle relazioni tra Stati Uniti e Cina", ha detto Ikuo Mitsui, gestore di fondi presso Aizawa Securities. "Un altro fattore è stato il rafforzamento dello yen".
Wall Street ha chiuso in ribasso dopo una sessione incerta lunedì, con i cali di Exxon Mobil e di altre società energetiche che hanno pesato sui guadagni di Boeing, mentre gli investitori hanno digerito i maggiori guadagni mensili del mercato azionario statunitense in due anni.
Gli investitori erano preoccupati per un'escalation delle tensioni sino-statunitensi, con Pelosi che avrebbe visitato Taiwan contro le obiezioni della Cina, che considera l'isola autogovernata come una provincia separatista.
L'azienda produttrice di apparecchiature per la produzione di chip, Tokyo Electron, è scesa del 2% ed è stata la più grande resistenza del Nikkei. Il produttore di aria condizionata Daikin Industries ha perso il 3,04% e il produttore di robot Fanuc è scivolato del 2,16%.
Toyota Motor è scivolata del 2,6% ed è stato il maggior freno del Topix.
JSR è crollata del 18,57% al suo minimo giornaliero dopo che il produttore di materiali per semiconduttori ha tagliato la sua previsione di profitto annuale.
L'azienda automobilistica Hino Motors è crollata del 9,86% a seguito di una notizia secondo cui la portata della falsificazione dei dati di ammissione annunciata potrebbe essere più ampia di quanto previsto in precedenza.
Il produttore di sensori e magneti TDK è salito del 13,5% dopo aver riportato un utile trimestrale più elevato.
Nell'indice Nikkei ci sono stati 18 titoli in rialzo, a fronte di 206 titoli in ribasso.
Il volume delle azioni scambiate sul tabellone principale della Borsa di Tokyo è stato di 1,2 miliardi, rispetto alla media di 1,18 miliardi degli ultimi 30 giorni. (Relazione di Junko Fujita; Redazione di Subhranshu Sahu e Shailesh Kuber)
