AVROBIO, Inc. ha riferito dati favorevoli sull'uso combinato di due saggi all'avanguardia per valutare il rischio di genotossicità dei vettori integratori usati nella terapia genica con cellule staminali ematopoietiche (CSE) prima dell'uso clinico, in occasione del 29° Congresso Annuale della Società Europea di Terapia Genica e Cellulare (ESGCT), dall'11 al 14 ottobre 2022 a Edimburgo, Scozia. L'azienda utilizza questi saggi per informare la selezione del vettore durante lo sviluppo preclinico.

Inoltre, ad oggi, l'azienda non ha riscontrato casi di oncogenesi inserzionale in nessuno dei suoi programmi clinici. IVIM/SAGA come strumenti di screening durante la selezione dei vettori lentivirali: Nella sua ricerca, l'azienda ha utilizzato i due saggi in combinazione per determinare il potenziale rischio di genotossicità di sei vettori lentivirali. Cinque dei vettori utilizzavano il promotore EF1 a breve (EFS), mentre il sesto vettore utilizzava l'enhancer/promoter modificato del virus del sarcoma mieloproliferativo murino, o MND. I vettori sono stati confrontati con un controllo mock non trasdotto e con un controllo genotossico positivo, il vettore gamma-retrovirale non SIN (RSF91).

Il saggio di immortalizzazione in vitro (IVIM) quantifica il rischio di trasformazione cellulare indotta dal vettore. La tecnica valuta la genotossicità determinando la probabilità che un vettore si inserisca vicino e attivi proto-oncogeni, come MECOM, e porti a una sovra-proliferazione delle cellule. In questo studio, per quantificare il rischio di trasformazione cellulare indotta dal vettore, è stata monitorata la proliferazione delle cellule staminali e progenitrici ematopoietiche (HSPC) di topo dopo la trasduzione.

L'IVIM ha determinato che i cinque vettori EFS guidavano la crescita cellulare in modo indistinguibile dalle cellule non trasdotte. Il vettore che utilizza il promotore MND, tuttavia, ha mostrato una crescita cellulare statisticamente significativa rispetto alle cellule non trasdotte e simile al controllo genotossico positivo. Il secondo e più recente test valuta la genotossicità in modo più diretto.

Il nuovo saggio surrogato per la valutazione della genotossicità (SAGA) si basa sull'osservazione che i vettori genotossici inducono una firma di espressione genica unica, legata alla staminalità e all'oncogenesi nelle HSPC di topo. Gli algoritmi di apprendimento automatico sviluppati a partire dai dati trascrizionali di vettori genotossici noti vengono utilizzati per stimare il potenziale di trasformazione dei vettori candidati. Il saggio SAGA può valutare i vettori con potenziale genotossico noto con un'accuratezza del 90,9%.

In questo studio, i dati SAGA hanno mostrato che i cinque vettori con promotori EFS erano statisticamente distinti dal controllo positivo genotossico e quindi presentavano un rischio genotossico inferiore, mentre quattro dei nove (44%) campioni di cellule trasdotte con un vettore lentivirale contenente un promotore interno MND avevano punteggi di arricchimento genico associati all'oncogenesi inserzionale. Questi risultati consentono di stimare il rischio di oncogenesi inserzionale clinicamente traducibile dei vettori integratori durante lo sviluppo preclinico. L'azienda utilizza il promotore EFS nei suoi programmi clinici.