Bruker Corporation ha annunciato importanti lanci bioinformatici per la proteomica 4D sulla piattaforma timsTOF: Un nuovo algoritmo di sequenziamento de novo è stato sviluppato in collaborazione con Rapid Novor Inc. utilizzando oltre 1,7 milioni di punti dati PASEF per migliorare la precisione e la velocità dell'immunopeptidomica in tempo reale. La sensibilità impareggiabile del sistema timsTOF SCP, abbinata al nuovo algoritmo PaSER Novor, offre un significativo aumento delle prestazioni per l'immunopeptidomica, soprattutto per i piccoli campioni di biopsia tumorale. Con PaSER Novor, Bruker lancia capacità avanzate per l'immunopeptidomica.

Sequenziamento di immunopeptidi: Sequenziamento di immunopeptidi. L'immunopeptidomica richiede il sequenziamento di peptidi non di natura proteolitica da piccoli campioni di biopsia tumorale sulla piattaforma timsTOF SCP ad altissima sensibilità. Lo spazio di ricerca degli algoritmi dei database di proteomica può diventare troppo grande per effettuare ricerche accurate, con conseguente bassa riproducibilità e lunghi tempi di ricerca.

PaSER Novor fornisce la sequenza peptidica dagli spettri degli ioni di frammento de novo dopo l'addestramento con oltre 1,7 milioni di punti dati timsTOF per ottenere risultati in tempo reale, utilizzando la piattaforma software di proteomica Bruker PaSER abilitata dalla GPU. B. TIMS-DIA-NN 2.0 abilita il dia-PASEF senza librerie: TIMS DIA-NN è una versione CCS-centrica di DIA-NN con miglioramenti significativi. TIMS DIA-NN 2.0 è ora in grado di elaborare i dati dia-PASEF in un approccio senza librerie, con una precisione di quantificazione ulteriormente migliorata grazie a nuove capacità di apprendimento automatico.

Grazie alla collaborazione di Bruker con il Prof. Andrew Webb presso WEHI, co-fondatore di Mass Dynamics Pty Ltd. - un'azienda di software in Australia, timsTOF 4D-Proteomics può ora sfruttare le analisi statistiche di Mass Dynamics, le visualizzazioni interattive e intuitive per l'estrazione di conoscenza nella proteomica. Oltre agli elenchi di gruppi di proteine, i grafici a vulcano, le interazioni proteina-proteina, i grafici PCA e una miriade di altre visualizzazioni facilitano le conoscenze biologiche e sulle malattie.