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Il Nikkei ha chiuso in ribasso dell'1,46% a 40.168,07, con 202 dei suoi 225 componenti in calo rispetto ai soli 23 in rialzo. Tuttavia, l'indice è ancora impostato per un salto del 20% nel trimestre gennaio-marzo.
Il più ampio Topix è sceso dell'1,73% a 2.750,81.
"Il mercato è cauto riguardo a un possibile intervento sulla valuta. Non è chiaro a quale livello e quando il Governo giapponese interverrà", ha dichiarato Shuji Hosoi, stratega senior di Daiwa Securities.
"Gli investitori stranieri sono desiderosi di acquistare azioni giapponesi, ma vogliono acquistarle a buon mercato. Quindi stanno monitorando fino a che punto lo yen potrà scendere".
Lo yen è sceso ai minimi di 34 anni rispetto al dollaro mercoledì, spingendo le tre principali autorità monetarie del Giappone a tenere una riunione di emergenza per discutere della debolezza dello yen.
In un briefing successivo, il principale diplomatico valutario Masato Kanda ha detto che "non escluderà alcuna misura per rispondere a movimenti disordinati del cambio".
Lo yen è stato scambiato per l'ultima volta a 151,375 contro il dollaro.
Giovedì, anche il Nikkei è stato trascinato al ribasso da una serie di azioni che hanno staccato il dividendo, perdendo circa 260 punti, secondo gli strateghi.
Le azioni del settore dei chip hanno registrato perdite maggiori. Il produttore di silicio Shi-Etsu Chemical è stato il maggior trascinatore del Nikkei con un crollo del 3,12%.
Il produttore di apparecchiature per il test dei chip Advantest è sceso dell'1,62% e si è posizionato al secondo posto, mentre il produttore di apparecchiature per la produzione di chip Tokyo Electron ha completato il terzetto inferiore con un calo dello 0,63%.
Il proprietario del marchio Uniqlo, Fast Retailing, è scivolato dello 0,47%.
Tutti i 33 sottoindici industriali della Borsa di Tokyo, tranne uno, sono scesi, con i produttori di carta che sono crollati del 6,07%, diventando il peggior performer.
Il settore minerario è salito dello 0,87%.
