Il Presidente Julius Maada Bio ha definito il crollo del famoso albero "una grande perdita per la nazione", mentre la folla si riuniva per osservare il tronco distrutto.
L'"Albero di cotone" era il punto di riferimento più importante del Paese dell'Africa Occidentale, fondato da schiavi americani liberati.
Si ritiene che quando gli schiavi arrivarono in barca alla fine del 1700, si riunirono sotto i suoi rami per offrire preghiere prima di trasferirsi nella loro nuova casa.
"Era considerato un simbolo di libertà dai primi coloni", ha scritto il Presidente su Twitter.
"Avremo qualcosa nello stesso punto che testimonierà il posto del grande Albero di Cotone nella nostra storia. Tutte le voci saranno riunite per questo".
L'albero di kapok si trovava al centro di una rotonda nel centro di Freetown, vicino al museo nazionale e all'ufficio del Presidente.
Il passante Victor Tutu Rogers ha detto a Reuters di aver visto l'albero cadere intorno alle 21.40 (2140 GMT) di mercoledì.
"Il vento soffiava, la pioggia era intensa. Mi sono avvicinato all'albero di cotone mentre tornavo dal lavoro, perché temevo che i rami potessero cadere", ha detto.
"Poco dopo c'è stato un forte lampo e ho sentito un forte botto, il suono dell'albero che cadeva dietro di me".
Giovedì, i rami e i detriti erano stati rimossi, lasciando solo un moncone.
"Come municipalità era molto simbolico, il luogo in cui teniamo il nostro ringraziamento annuale ogni novembre per offrire preghiere e per molti altri eventi", ha detto l'amministratore capo della città, Festus Kallay.
"Lo skyline di Freetown difficilmente sarà di nuovo lo stesso".
