Il Nikkei ha chiuso in calo dello 0,98% a 33.422,52, dopo aver chiuso lunedì a 33.753,33, la chiusura più alta dal marzo 1990.
Dei suoi 225 componenti, 150 sono scesi, 73 sono saliti e due sono rimasti fermi.
Il produttore di farmaci Daiichi Sankyo è crollato di quasi il 15%, guidando i ribassisti del Nikkei con un ampio margine, dopo che la sperimentazione di un farmaco antitumorale sperimentale sviluppato con AstraZeneca ha deluso gli investitori.
Quasi tutti i settori del Nikkei sono scesi, guidati da un calo del 3,43% nel settore sanitario. I titoli finanziari, tuttavia, hanno fatto un balzo dell'1,69%, seguendo i guadagni dei concorrenti statunitensi durante la notte, che hanno aumentato i dividendi dopo aver superato gli stress test annuali. I consumi ciclici sono rimasti fermi.
Il più ampio indice giapponese Topix è sceso dello 0,62% a 2.306,37.
"Per quanto riguarda il calo del Nikkei oggi, con i mercati statunitensi in vacanza, è difficile aspettarsi che gli investitori assumano nuove posizioni in modo proattivo", ha detto Maki Sawada, stratega di Nomura Securities.
"Considerando anche che il Nikkei ha chiuso ieri a un nuovo massimo, le vendite per prendere profitto stanno guidando i movimenti di mercato di oggi".
Le aziende concorrenti di Daiichi Sankyo, Astellas Pharma e Chugai Pharmaceutical, sono scivolate rispettivamente del 2,84% e del 2,59%.
Il produttore di robot Fanuc è sceso del 2,78%. Il produttore di elettrodomestici Daikin Industries è scivolato del 2,56%.
Dall'altra parte, l'assicuratore T&D Holdings è stato il miglior guadagnatore del Nikkei con un progresso del 3,97%.
Resona Holdings è stata la banca più performante, con un aumento del 3,88%. Sumitomo Mitsui Financial Group ha guadagnato il 3,59% e Mizuho Financial ha aggiunto il 3,43%.
Il Gruppo Rakuten ha chiuso in rialzo del 3,63%, riducendo i guadagni precedenti di oltre il 6%. Il rivenditore online è crollato ai minimi di 14 anni la scorsa settimana. (Relazione di Kevin Buckland; Redazione di Rashmi Aich e Varun H K)