L'indice Nikkei ha perso lo 0,25% per chiudere a 33.338,70, ma ha recuperato la maggior parte del calo dell'1% registrato all'inizio della sessione.
Il più ampio Topix ha chiuso quasi piatto, con un calo dello 0,01% a 2.306,03.
"Gli investitori hanno cercato di bloccare i profitti dopo un forte rally", ha detto Ikuo Mitsui, gestore di fondi presso Aizawa Securities.
"Ultimamente, il Nikkei tende a ridurre le perdite perché ci sono ancora molti investitori che vogliono aumentare le loro posizioni in azioni giapponesi e acquistano azioni sui ribassi, il che riduce alcune perdite o addirittura aiuta l'indice a invertire la rotta".
Fast Retailing è scesa del 2,54%, il maggior freno per il Nikkei, dopo aver riportato un calo del 3,4% nelle vendite dello stesso negozio per il mese di giugno.
Il produttore di lenti a contatto Hoya ha perso il 2,86%, diventando il maggior perdente del Nikkei.
Il produttore di apparecchiature per la produzione di chip Tokyo Electron è sceso dello 0,35% e il produttore di apparecchiature mediche Terumo ha perso l'1,61%.
Daiichi Sankyo ha registrato un'impennata del 6,82%, diventando il maggior guadagnatore del Nikkei dopo aver perso quasi il 15% nella sessione precedente.
Il settore farmaceutico è salito dell'1,78%, con Sumitomo Pharma che ha fatto un balzo del 3,5%.
L'azienda di spedizioni Kawasaki Kisen Kaisha ha registrato un'impennata del 5,58% e ha sollevato il settore delle spedizioni del 3,42%, diventando il miglior performer tra i 33 sottoindici industriali della Borsa di Tokyo.
Tra i componenti del Nikkei, 110 titoli sono saliti e 113 sono scesi, con due titoli che sono rimasti fermi. (Relazione di Junko Fujita; Redazione di Savio D'Souza e Nivedita Bhattacharjee)