Il Nikkei ha chiuso in ribasso dell'1,16% a 40.414,12, con solo 30 dei 225 componenti dell'indice che sono avanzati contro 192 ribassisti.
L'indice ha attraversato il livello di 41.000 per la prima volta in assoluto venerdì e ha registrato un record di chiusura a 40.888,43.
Il Topix più ampio era in calo dell'1,26% a 2.777,64 lunedì.
I movimenti di mercato della giornata riflettono una pausa momentanea dopo un'ascesa così forte e i fattori tecnici probabilmente peseranno sull'indice questa settimana, ha detto Hiroshi Namioka, capo stratega di T&D Asset Management.
Le perdite sono state diffuse, con molti dei pesi massimi del Nikkei in calo.
Il gigante delle apparecchiature per la produzione di chip Tokyo Electron è sceso dell'1,6%, la società madre di Uniqlo Fast Retailing ha perso lo 0,6% e l'agenzia di personale Recruit Holdings è scesa del 3,6%.
Nonostante lo yen si aggiri intorno a 151,32 per dollaro, anche le azioni delle aziende giapponesi con maggiori vendite all'estero sono scese.
La debolezza della valuta è probabilmente al suo apice, e ha bloccato il recente aumento delle azioni legate alle esportazioni, ha detto Namioka.
"È difficile vedere lo yen scendere fino a qualcosa come 160 per dollaro, che è una cifra importante".
Sony Group ha perso circa il 3%, mentre Toyota Motor ha perso l'1,1%.
Anche le case automobilistiche come Honda e Nissan sono scese rispettivamente del 2,2% e del 2,1%. (Relazione di Brigid Riley; Redazione di Shounak Dasgupta)