Il Nikkei è sceso dell'1,08% a 33.389,28 entro la pausa di mezzogiorno, dopo aver chiuso lunedì a 33.753,33, la chiusura più alta dal marzo 1990.
Dei suoi 225 componenti, 158 sono scesi, 64 sono saliti e tre sono rimasti fermi.
Il produttore di farmaci Daiichi Sankyo è crollato di oltre il 14% e ha guidato i ribassi del Nikkei con un ampio margine, dopo che la sperimentazione di un farmaco sperimentale contro il cancro sviluppato con AstraZeneca ha deluso gli investitori.
Tutti i settori del Nikkei, tranne uno, hanno subito un calo, guidato da una flessione del 3,37% per il settore sanitario. I titoli finanziari, tuttavia, hanno guadagnato lo 0,88%, seguendo i guadagni dei concorrenti statunitensi durante la notte, che hanno aumentato i dividendi dopo aver superato gli stress test annuali.
L'indice Topix più ampio del Giappone è sceso dello 0,72% a 2.304,03.
"Per quanto riguarda il calo del Nikkei oggi, con i mercati statunitensi in vacanza, è difficile aspettarsi che gli investitori assumano nuove posizioni in modo proattivo", ha detto Maki Sawada, stratega di Nomura Securities.
"Considerando anche che il Nikkei ha chiuso ieri a un nuovo massimo, le vendite per prendere profitto stanno guidando i movimenti di mercato di oggi".
L'azienda produttrice di robot Fanuc è scesa del 2,82%, diventando il maggior ribassista del Nikkei dopo Daiichi Sankyo. Il produttore di elettrodomestici Daikin Industries ha seguito con un calo del 2,75%.
Tra le altre perdite degne di nota, l'operatore di negozi Uniqlo Fast Retailing, in calo dell'1,46%, e l'investitore di startup SoftBank Group, in calo dello 0,89%.
Dall'altra parte, il rivenditore online Rakuten Group ha guidato i guadagni del Nikkei con un'impennata del 5,63%, continuando il suo rimbalzo dai minimi di 14 anni toccati la settimana scorsa.
Resona Holdings è stata la banca più performante, con un aumento del 2,81%. Mizuho Financial Group è salita del 2,63%. (Relazione di Kevin Buckland; Redazione di Rashmi Aich)