Il Nikkei è sceso dello 0,03% per chiudere a 35.466,17, dopo essere salito fino allo 0,7% all'inizio della sessione.
Il più ampio Topix ha registrato un calo dello 0,17% a 2.492,09.
"Gli operatori del mercato sono diventati cauti a causa dei recenti forti guadagni dell'indice", ha detto Shuutarou Yasuda, analista di mercato presso l'Istituto di Ricerca Tokai Tokyo.
Il Nikkei è salito dell'8% dall'inizio di quest'anno, raggiungendo il livello più alto dal febbraio 1990 durante la sessione precedente.
"Lo slancio del Nikkei è stato sostenuto dalla debolezza dello yen. Ma gli investitori erano anche cauti sul fatto che il calo dello yen non sarebbe durato a lungo, il che li ha spinti a vendere azioni", ha detto Yasuda.
Il produttore di robot Fanuc, presente in Cina, ha subito un calo del 2,63%, che ha pesato maggiormente sul Nikkei.
Il calo di Fanuc riflette la preoccupazione degli investitori per le prospettive della Cina, ha detto Yasuda.
SoftBank Group è sceso dello 0,74% e il produttore di videogiochi Nexon è scivolato del 5,53%.
Tuttavia, con lo yen ancora debole rispetto al dollaro, Toyota Motor è salita del 2,63%, diventando il maggior sostegno del Topix.
L'indice delle case automobilistiche è salito dell'1,97%, diventando il miglior performer tra i 33 sottoindici industriali della Borsa di Tokyo.
I produttori di pneumatici sono saliti dell'1,64%, con Bridgestone e Toyo Tire che hanno guadagnato rispettivamente l'1,68% e il 4,56%.
Il dollaro ha oscillato vicino al picco di un mese rispetto alle principali controparti giovedì, dopo che i solidi dati sulle vendite al dettaglio degli Stati Uniti hanno rafforzato le aspettative che la Federal Reserve non si affretterà a ridurre i tassi di interesse.
Uno yen più morbido aiuta gli esportatori, in quanto aumenta il valore dei profitti all'estero in termini di yen quando le aziende li rimpatriano in Giappone.