Il Nikkei è sceso fino al 2% nei primi scambi di giovedì e l'ultima volta era in calo dell'1,59% a 32.932,16 alle 0108 GMT. I titoli legati ai chip sono stati i maggiori perdenti, mentre l'impatto principale del terremoto e della collisione è stato sui titoli delle compagnie aeree e dell'edilizia.
Il Topix più ampio era in calo dello 0,34% a 2.358,28.
"Il Nikkei è sceso a causa di un sell-off del Giappone, in quanto il sentimento degli investitori è stato appesantito dallo shock del terremoto", ha detto Naoki Fujiwara, senior fund manager di Shinkin Asset Management.
La prefettura di Ishikawa, una delle prefetture colpite dal terremoto del 1° gennaio, ha confermato 65 morti, rendendo il terremoto il più letale in Giappone almeno dal 2016.
Le azioni legate ai chip, che di solito guidano i movimenti del Nikkei, hanno subito un forte calo, con Advantest e Tokyo Electron che sono crollate di quasi il 5% ciascuna. Fujiwara ha detto che i cali sono dovuti anche all'aumento dei rendimenti del Tesoro americano.
Le imprese di costruzione sono aumentate, con Kajima, Taisei e Obayashi che sono salite di oltre il 4% ciascuna.
Nel frattempo, Japan Airlines (JAL) ha affrontato un'ondata di ordini di vendita anticipati dopo l'incidente di martedì che ha coinvolto una collisione tra JAL e un aereo della Guardia Costiera all'aeroporto Haneda di Tokyo. Le azioni JAL sono scese dello 0,25%.