Bionano Genomics, Inc. ha annunciato una pubblicazione peer-reviewed su Cancers da parte di un team di ricercatori sul cancro, principalmente presso il NCI-Designated Cancer Center, Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute e Scripps MD Anderson a La Jolla, California. La pubblicazione descrive quello che potrebbe essere il primo studio che utilizza la mappatura ottica del genoma (OGM) per la scoperta delle varianti strutturali (SV) che guidano la resistenza e la sensibilità ai farmaci nel cancro. Disegno dello studio: Campioni di pazienti. Lo studio ha analizzato 26 campioni di leucemia di 23 soggetti, compresi 3 campioni di soggetti dopo una ricaduta.

Firme di variazione del genoma. Lo studio ha confrontato le firme di variazione del genoma ottenute dai campioni di leucemia mediante OGM e con metodi citogenetici classici, tra cui la cariotipizzazione (KT) e l'ibridazione in situ a fluorescenza (FISH). Libreria di farmaci. Lo studio ha utilizzato un'ampia collezione di 120 farmaci antitumorali basata sulla Oncology Drug Library (ODL, ODL2 e ODL3) e sui farmaci della collezione oncologica approvata dalla FDA del Programma Terapeutico di Sviluppo dell'NCI, compresi alcuni agenti sperimentali e quelli in fase di sperimentazione II/III.

Test di resistenza e sensibilità ai farmaci. Lo studio ha utilizzato un saggio di vitalità cellulare e di screening farmacologico basato sulla crescita di collezioni di cellule arricchite di leucemia in presenza di diverse concentrazioni di agenti farmacologici per misurare la vitalità cellulare. Le cellule che crescevano bene in presenza di farmaci sono state definite resistenti e quelle che non lo erano sono state definite sensibili.

Nel complesso, lo studio dimostra che l'OGM per il rilevamento delle SV, combinato con i dati di sensibilità ai farmaci per gli stessi campioni, è un approccio utile per identificare le SV potenzialmente patogene che possono essere alla base della sensibilità o della resistenza ai farmaci. I risultati principali sono i seguenti: L'OGM ha rilevato tutte le SV che erano state osservate con i metodi citogenetici classici, oltre a molteplici varianti aggiuntive che non erano state segnalate in precedenza, i campioni di leucemia traslocati BCR-ABL1 sono sensibili all'inibitore della tirosin-chinasi Nilotinib, come previsto, ma mostrano resistenza agli inibitori del proteasoma, Sono state rivelate sensibilità ai farmaci associate a riarrangiamenti genomici precedentemente non riportati, I campioni di leucemia con traslocazioni di KMT2A sono associati a sensibilità ai farmaci perturbatori del microtubulo Paclitaxel e Cabazitaxel e resistenza agli inibitori della famiglia Bcl-2, Le associazioni di chemio-sensibilità con le SV rilevate da OGM sono in grado di rivelare diverse potenziali nuove strategie di trattamento della leucemia.